Génome décrypté pour l'homme de Denisova

Les équipes de l'Institut Max Planck (Leipzig, en Allemagne) ont finalisé le séquençage du génome d'un Denisovien, un représentant d'un groupe d'hominidés asiatiques éteint proche des Néandertaliens.



Denisova, une espèce mais pas de squelette fossile...
En 2010, Svante Pääbo et ses collègues avaient présenté les premiers résultats de l'étude du génome de l'homme de Denisova. Ils avaient découvert cette nouvelle espèce d'hominidé en analysant un fragment d'os de doigt humain découvert dans la grotte Denisova (sud de la Sibérie). Les études de l'ADN ont montré que cet individu venait d'un groupe jusqu'alors inconnu. Toutefois le séquençage du génome a démontré que l'homme de Denisova était un groupe frère de celui des Néandertaliens : ils avaient donc une origine commune. 



De nouvelles techniques pour étudier le génome de l'homme de Denisova
L'équipe de Leipzig a développé de nouvelles techniques plus sensibles qui leur ont permis de séquencer de manière plus fine (30 fois plus précise) toutes les positions dans le génome Denisovien. Ils ont utilisé moins de 10 milligrammes de l'os du doigt pour extraire l'ADN. Dans l'étude précédente publiée en 2010, chaque position dans le génome avait été déterminée seulement deux fois, en moyenne. Ce niveau de résolution est suffisant pour établir la relation entre les Denisoviens, les Néandertaliens et les hommes modernes, mais pas assez précis pour étudier l'évolution des parties spécifiques du génome. Cette nouvelle étude du génome, désormais achevée, permet de distinguer les infimes différences entre les copies de gènes dont cet individu a hérité de son père et de sa mère.

L'équipe de scientifiques de Leipzig vient de dévoiler le génome complet de l'homme de Denisova. Ce travail a été mis à disposition de la communauté scientifique.

"Le génome est de très haute qualité», explique Matthias Meyer, qui a développé les techniques qui ont rendu cette prouesse technique possible. «Nous couvrons toutes les séquences d'ADN non répétitives dans le génome de l'homme de Denisova tellement de fois qu'il y a moins d'erreurs que pour la plupart des génomes de l'homme moderne réalisées actuellement."

Une découverte qui peut en susciter d'autres
Ce génome représente la première grande couverture complète du génome d'un groupe archaïque d'hominidés - une avancée dans l'étude des espèces éteintes d'hominidés. "Nous espérons que les biologistes pourront utiliser ce génome pour découvrir les changements génétiques qui ont été à l'origine du développement de la culture et de la technologie humaine.  C'est cela qui a permis à l'homme moderne de quitter l'Afrique et de se propager rapidement dans le monde entier, il y a 100 000 ans», explique Pääbo. Le génome complet devrait également permettre de révéler de nouveaux aspects de l'histoire des Denisoviens et des Néandertaliens.

L'équipe prévoit de présenter, en 2012, un document décrivant précisément le génome. "Mais nous voulons qu'il soit librement accessible à tout le monde dès à présent», explique Pääbo. "Nous pensons que de nombreux scientifiques le trouveront utile dans leurs recherches."

Le projet a été rendu possible par le financement de la Société Max Planck et fait partie des efforts menés depuis près de 30 ans par le groupe du Dr Pääbo à étudier l'ADN ancien. La phalange a été découverte par le professeur Anatoli Derevianko et le professeur Michail Shunkov de l'Académie des Sciences de Russie, en 2008, au cours de leurs fouilles à la grotte Denisova, un site archéologique unique qui contient des couches culturelles indiquant que l'occupation humaine sur le site a démarré il y a 280 000 ans. La phalange fut trouvée dans une couche qui a été datée entre 50 000 et 30 000 ans.

Sources
Traduction de l'article Entire genome of extinct human decoded from fossil.
A noter, nous avons utilisé le terme de Denisoviens qui est une adaptation du terme « Denisovan » utilisé dans l'article original.

CR

En savoir plus
Mars 2010 Découverte génétique de l'homme de Denisova
Décembre 2010 Denisova et Néandertal ont un ancêtre commun, ce sont des groupes frères
2013 L'ADN des fossiles de La sima de los huesos présente des caractères similaires à celui de l'Homme de Denisova
2018 Néandertaliens – Dénisoviens une histoire d’amour vieille de 90 000 ans ????
Denny le premier hybride Néandertal-Denisova a été identifié à partir de l'ADN nucléaire du fragment osseux Denisova 11. Soit Denny a un père dénisovien et une mère néandertalienne, soit ses 2 parents sont eux-même hybrides. Jean-Luc Voisin